这个世界距离我们并不遥远，你把它看作是现代社会的镜子亦为不可。 也许：无论人类怎样发展，人性是不会改变的，即使容纳这渺小人性的外壳换作了机器身体亦是一样。 无论怎样，在一个充斥着改装身体的社会里，人类的欲望得以被延续且发扬光大，由此相关的犯罪也应运而生。 由荒卷所领导的特务组织：公安9课，其实就可以算是日本社会的清洁剂。
时值1980年代，江之岛的小学四年级的女生铃音凛（鈴音リン）父母双亡，她独自经营着食堂生活下去。
文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。 如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪物巴赞甲出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为“奥特曼”，几十年来在宇航员中一直有着他的传言。 后来，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽对应分遣队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物反应分队。他指挥的这支特殊部队，以驾驶巨型怪物形状的机器人阿斯加隆为主来对抗怪物灾难。 同时，他还奉命调查在巴赞甲之战中出现的奥特曼是否为必须消灭的敌人。 “我去解决"。 现在，在布莱泽奥特曼之光的笼罩下，弦人队长将与新组织的SKaRD的特殊成员一起，投入到与怪兽的新战斗中，他的心中深藏着坚实的勇气和坚定的正义!
今天开始就是中学一年级了。将学校中……不对，是世界中的巨人驱逐出去！怀着这样的梦想与希望迎来开学典礼早晨的艾伦，立刻又睡过去了。被青梅竹马的三笠叫起来，在马上就要迟到时才飞奔出家门的艾伦在上学路上疾驰，途中遇到了萨莎、让、康尼等来自其他小学的人们。“这就是进击中学吗”艾伦等人仰望的是高耸入云的巨大墙壁和校门。进入这里的话，开学典礼就近在眼前了。但艾伦并不知道，这所学校有着人类决不能违逆巨人的校规。究竟艾伦能否驱逐巨人？！？
