故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚（绪方惠美 配音）以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的录取通知，奇怪的是，他平凡的生活中并没有遇到过什么幸运的事情，如果硬要说有的话，那就是此次的录取了。 这一届，包括苗木诚在内共有15名新生，均为各个领域内的尖端人士，而在开学典礼上，黑白熊（大山羡代 配音）的出现却让他们落入了永恒的炼狱。闭锁的出口，昏暗的空间，残酷的脱出规则，激烈的学级审判，只有双手沾满鲜血的人才能够成为最后的胜者重获自由。这一回，被称为超高校级幸运的苗木诚能够继续他的幸运吗？
《Fate/stay night [Unlimited Blade Works]》分割放送的第二期圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的七名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与七名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这七组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与Servant中的剑士Saber订定契约，被卷入圣杯战争当中……
在一场阴谋中，高中生星村真姬娜（秋山奈奈 配音）及其全家被名为“七星”的神秘组织全数杀害。之后，和尚田神景世（藤原启治 配音）利用属大元帅系真元密宗的光言宗的神秘法术将真姬娜复活使其成为“尸姬”——一种死前怨念极深，复活后拥有异于常人的强大行动力的活死人。尸姬通常为女性，按照契约中所述，她们要跟同类“尸”战斗，当斩杀满108个敌人后，即可获得通往极乐世界的资格。 不久之后，田神景世战死，他与真姬娜的契约转换到了其养子花神旺里（羽染达也 配音）手中。在同伴的帮助下，真姬娜开始追查杀害父母的真凶的下落，而邪恶的“七星”也为了某些秘密的目的而开始蠢蠢欲动。
