超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
蓝瓶的精灵叫做库露露（水树奈奈 配音），充满活力的她无论做什么样的事情，总是冲在最前线。黄瓶的精灵叫做琪莉莉（名冢佳织 配音），个性单纯的她拥有着意外低的泪点。红瓶的精灵叫做莎拉拉（堀江由衣 配音），虽然个性有些冷淡，但在内心中，其实有着呆萌的可爱属性。绿瓶的精灵叫做荷洛洛（野中蓝 配音），成天都属于放空状态的她经常会做出一些让人啼笑皆非的举动。紫瓶的精灵叫做灵月月（桃井晴子 配音），凡是都以认真态度对待的她看起来真是可爱。 精灵们乘坐着五颜六色的漂流瓶来到人间，为的就是能够成为一个合格的人类，只要保持着单纯善良的本性，她们的愿望一定能够达成。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
现在都市犯罪日益猖蹶时，一个神秘人物崭露头角。他不是警察，也有别于一般私人侦探和保镖，而是位我行我素的侠探，他复姓冴羽，单名獠，人称"城市猎人 "。他身怀绝技，足智多谋，见义勇为而又性情诙谐，即使在难中也要开些超级玩笑：偏偏还能屡屡得到佳人相助，从而演出一幕幕情义交织的精彩活剧……
在非常遥远的未来，人类反抗机器人的贵族统治之战即将进入尾声。故事的舞台是与世隔绝的暴风雨之塔，里面住着弗里盖琉公爵的女儿多罗斯赛露、管家凯迪西多尼斯等人，故事便是围绕着大小姐和管家两人的日常对话而展开的。
面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
