《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
片田舎で道場を構えるしがない剣術師範の中年、ベリル・ガーデナント。 剣士としての頂を目指した日々は遠く過ぎ去り、自身の実力に気持ちの折り合いをつけてのんびり過ごしていた彼のもとへ 今や王国騎士団長にまで出世した元弟子の一人、アリューシアが十年の時を経て来訪する。 「先生を騎士団付きの特別指南役として推薦し、無事承認されました」 このまま田舎暮らしで静かに生涯を終える、それでも構わないと割り切っていた ベリルの運命が、大きく変わる──！ 都会での生活。大きく成長した元弟子たちとの再会。新たな仲間、そして強敵との巡り会い。 「俺みたいな峠を過ぎたおっさんには、荷が重すぎるよ……」 そう思うベリルだが、長きにわたり実直に鍛え続けた剣の腕は ”片田舎の剣聖”と称されるほどの凄まじい領域に達していて──
“在演艺圈里，谎言就是武器。 ” 在小城市工作的妇产科医生・五郎，有一天他所推的偶像“B小町”出现在了他的面前。“B小町”有着一个禁忌的秘密。 如此这般的两人实现了最糟糕的相遇，从此命运的齿轮开始转动——
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
