小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
世界著名的機械工學者葉山博士，連同大兒子譲治、次子竜治，為最年少的三弟健治舉辦生日會時，三人就在途中被達達星人捕捉了。 後來達達星人派遣機械人軍團侵略地球，此時由宇宙來了兩個機械人。他們就是移植了譲治及竜治所有性格記憶的天地雙龍。此兩個等於親生兄長的機械人，就開始為地球作戰了。
汤川好藏是一名狂热的温泉迷，他也是一位能利用嗅觉嗅出温泉源泉的温泉猎人。某天，为了振兴小镇而寻找秘境温泉的好藏不慎从悬崖滑落。因此丧命的他，却转生到了异世界！而让他转生到异世界的，是一个悄悄留存在岩洞里的小神社的稻荷神。于是，好藏与稻荷大人的使者姬茧玉小姐一同来到了异世界。好藏身上的温泉猎人之血立即沸腾起来，找到了温泉，并与茧玉小姐一同入浴。就在此时，一位精灵少女出现了……
在那不久的未来，东京湾内突然坠落了一艘宇宙飞船，发现飞船中乘坐着150名外星人。1年之后，日本政府为那些无法返回故乡星球的宇宙人们颁发市民权。并以“亲爱的朋友们”为名，将他们称呼为“DearS”。 DearS们为了学习日本的语言和日本的风俗，采取了“借宿”制度（住在他人家里）。就这样DearS们伴随着他们的美貌一起渐渐被世人所接受…… 就在这个时候，因一起事故的关系，DearS本部运算的一位少女从货物卡车上掉了出来，随后又被一个普通高中生 几原武哉 给发现……之后被带回了 武哉 的家， 武哉 给这位少女启名为“怜”。惊人的是 怜 1个晚上就学会了日文，最出乎意料的是她一见到 武哉 就叫他“主人”。就这样，两个人开始了异星间交际，而 怜 平时都笨笨的关系，随着周围的人越来越多，总是引起一次又一次的骚乱，并给 武哉 添麻烦……
为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！
这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For JiJiKB.COM All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！
