工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
故事发生在地处偏远的私立八光学园之中，一直以来，八光学园都以极为严明的校风，以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而，自2011年4月起，学园由单纯的女校改为了男女混校，五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。
各方面都只能用平凡来形容的藤野清志（神谷浩史 配音）、喜欢研究三国志的诸葛岳人（小西克幸 配音）、清志的中学好友若本真吾（铃村健一 配音）、身体虚弱沉默寡言的根津让二（浪川大辅 配音）和抖M宅男安堂丽治（兴津和幸 配音），当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时，等待着他们的竟然是冰冷的铁窗，和来自于里学生会成员们的残酷折磨！
スタッフ 原作奈須きのこ / TYPE-MOON 監督三浦貴博 キャラクター原案武内崇 キャラクターデザイン・総作画監督 須藤友徳、田畑壽之、碇谷敦 色彩設計千葉絵美、松岡美佳 美術監督衛藤功二 撮影監督寺尾優一 3D監督宍戸幸次郎 編集神野学 音響監督岩浪美和 音楽深澤秀行 ゲストコンポーザー梶浦由記 プロデューサー岩上敦宏、竹内友崇、近藤光 制作プロデューサー近藤光 シリーズ構成・脚本制作・アニメーション制作 ufotable 製作アニプレックス、ノーツ、ufotable
在能源日渐枯竭的时代，发现可从锶合金矿石（ジャパニウム鉱石）中提取超级能源“光子力”，并以日本热海为光子力实验都市。觊觎光子力、企图征服世界的地狱博士，所属阿修罗、布洛肯军团及机械兽向光子力研究所发动进攻，兜甲儿驾着其祖父制造的超级机器人“魔神Z”挺身而战……。
