高中生金田一可以说是全日本最白痴的高中生之一，上课老在睡觉，作业从来都是抄和他青梅竹马一起长大的美雪的，什么事情都由美雪帮他扛着。然而，阿一平凡普通的外表下却隐藏着一颗可能世界上最严密精细的头脑。他的爷爷金田一耕助是日本最有名的侦探之一，阿一遗传了爷爷的优秀基因，无论多 么高明的犯罪手法、多么狡诈的罪犯，在他面前都无所遁形！这一系列里，阿一和美雪将会遇到校园七不思议杀人事件、怪盗绅士杀人事件等一系列的恐怖杀人事件，阿一到底怎么拨开一宗宗看似毫无头绪的杀人案的迷雾？
拿到这本由死神琉克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“基拉”（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查基拉事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为基拉是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“基拉你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战基拉。基拉和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。 诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。
海鸥学园的奇妙传言之一。据说旧校舍三层女厕所的第三间里的同学，会实现前来拜访者的愿望。非常喜欢巫术等超自然现象的少女八寻宁宁为了实现自己的愿望，将之托付给了学园怪谈……
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
