自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
村雨纯夏（高垣彩阳 配音）是一个成绩优异运动万能的高材生，然而，这样完美的她却掩藏了一个惊人的秘密，她所喜欢的人，居然是从中学时代就是好友的风间汐（高本惠 配音）。由于小小的自卑感，纯夏将这样的感情深深的埋藏在了心底，只是默默的守护在风间的身边。 升上了高中后，两人的身边渐渐的聚集了一群有趣的朋友们。无时不刻都在吃东西的鸟追清梨（加藤英美里 配音），外表成熟个性却十分天真的莲贺朋绘（原田美枝子 配音），腹黑毒舌的小萝莉当麻宫子（斋藤千和 配音），沉浸在自己世界里的腐女仓井梓（牧口真幸 配音），少女们成立了“放学后让女孩们开心度过的社团”，快乐有趣的事情每天都在这里上演。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
“唉呀……过了25岁跟男人分手的话好难受啊！” 居住在北海道札幌，在浓汤咖喱店工作的鼓田美奈丽，在酒馆里与刚认识的当地广播局的导播·麻藤兼嗣谈起了自己的失恋经历。 第二天，就在她跟往常一样准备在工作岗位上开始工作时，店内播放的广播传来了美奈丽恶骂她前男友的声音……原来是麻藤将美奈丽的抱怨秘密录音了下来，并在广播直播中放了出来。美奈丽情绪激动地赶往了广播局。然而，麻藤却毫不畏惧地说了一句。 “小姐，既然你要停下来，那就说明你要负责主播喽？” 在这样的处境下，美奈丽为了辩解刚才的播放内容，拼尽全力地开始了自己的首次即兴直播。结果就是，这场广播出乎意料地大受好评，而后麻藤正式邀请她担任广播播音员。 “你，想不想主持一个冠名节目试试？”
这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。 女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目—— 迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】
