带着容易引起灾难的危险秘宝“魔剑目录”，居无定所的流浪剑士，殇不患。从祖国西幽离开辗转来到了东离之地后，好不容易获得了一时安宁的他，不料被仇敌“祸世螟蝗”得知这个消息，再次陷入危机之中。从遥远的西幽不断接揰而来的异能、异形的刺客们。就在殇不患面对这样的困境之中，身穿红莲之衣谜一般的吟游诗人就此现身。
高中毕业后，因为游泳而互相牵绊的遥等人朝着不同的方向前进。遥在东京，与曾经一同游过接力的椎名旭相遇了。唤醒了中学时代记忆的遥，心中苏醒的是“那时”的郁弥的身影。 和遥一起前往东京的真琴，开始朝着新的梦想前进。来到悉尼的凛，在新的天地实现了意外的相遇。 在各自的未来中等待着他们的，是新的战斗吧。还是，与残留的过去的记忆对峙……？ 小学生、初中生、高中生——然后是大学生。遥和朋友们在水中编织出的关于友情和青春的故事在《Free!-Dive to the Future-》中相互交融！
2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
