马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。 一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡，而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特，他们派出了特务卡罗莎（森川智之 配音）潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特终于相遇了，她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密，与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎（雪野五月 配音）一起，揭露了安纺贩卖军火，并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。
普通男子高中生加贺谷修一可以变身为怪物但并不是普通的怪物，而是布偶怪物，而且还是少女进入他的身体控制。这样过着日常生活的他，所热爱的日常，某天开始却突然不复存在……
故事主要讲述了就读于圣克罗尼亚学园高中部的溷血儿羽濑川小鹰，在某一天看到了美少女三日月夜空一个人愉悦地说着话，之后两人便开始聊起关于如何交朋友的话题。而没想到夜空建立了一个以交朋友为目的问题社团──邻人部，各种问题美少女先后申请入社。就这样这部残念系青春恋爱喜剧拉开帷幕了……
继《银魂》动画最终篇《银之魂篇1》，《银之魂篇2》也将于2018年7月开始播出。
