一次意外中，桃宫草莓（中岛沙树 配音）的DNA中混入了山猫的DNA，之后，一系列奇怪的变化发生在了她的身体上，她的行为举止越来越像一只猫咪，并且，在草莓的周围，开始出现了一些形状可怖的袭击者。喵喵咖啡馆的店长赤坂圭一郎（绿川光 配音）找到草莓，他告诉他，世界的和平正在受到威胁，只有一种名叫喵喵水晶石的宝物才能阻止恶势力的扩张，他希望草莓能够利用自己的超能力来寻找这些水晶石。 与此同时，大小姐蓝泽薄荷（嘉数由美 配音）、温柔的碧川莴苣（佐久间红美 配音）、可爱的黄步玲（望月久代 配音）和漂亮的藤原石榴（野田顺子 配音）先后出现在了草莓的面前，她们都是拥有喵喵力量的少女，此刻，她们集结在一起，将要面对的，是实力十分强大的蓝影者（绪方惠美 配音）。
奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
里昂在执行从绑匪手中解救安东尼奥 泰勒博士的任务时，一个神秘女人挡住了他的任务。与此同时，克里斯正在调查旧金山爆发的僵尸事件，感染原因无法确定，唯一确定的是受害者最近都去过恶魔岛，根据这一线索，克里斯与他的团队前往这座小岛调查，那里有未知的恐怖在等待着他们。
