小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
故事内的世界大约与现实中的1930到40年代相当。当时飞机刚发明不久，主要在战争中使用，一般旅行大多乘坐火车。故事中的世界只有一个大陆存在，而这个大陆被中央的路妥尼河及中央山脉分隔成东西两部份。大陆东侧为洛克希昂努联邦（简称洛克榭，官方语言为洛克榭语）及西侧贝佐·伊尔拓亚联合王国（简称斯贝伊尔，官方语言为贝佐语）。两方对于「哪一边才是人类的起源」这个问题争执不下，最后诉诸于战争。虽然现在是休战状态，但仍然常有武装冲突。最近一次是世界曆3277年时发生的列司托奇岛（一座路妥尼河上的小岛）纷争。洛克榭的姓名命名方式为，姓氏在名字后面；而在斯贝伊尔则是姓氏位于名字之前。
2008年——因神秘的势力出现，动画、游戏、漫画、音乐、铁路、cosplay等所有御宅文化在日本被清除殆尽。收容相关商品、以保护的名义镇压御宅族。人们像是失去了自我般没有质疑。本以为御宅族被负责掌管秩序的组织“SSC”蹂躏灭亡。但是，夺回了被封锁的秋叶原、高举反旗的人出现了。 年轻的革命者“御宅英雄”——比谁都热爱御宅文化，比谁都热爱秋叶原的男人。还有仰慕他的三个魔法少女——“ANARCHY”“BLUE”“PINK”。 以2011年的日本为舞台，聚集在自由之旗下的御宅族们——秋叶原革命军，将与SSC首领“SHOBON”展开壮烈的战争。 混沌和秩序都被破坏，为了能说出尽情喜欢自己喜欢的东西的世界。 聚集在自由旗帜下的御宅族们，为了取回被夺走的文化，掀起OTAKU COUNTER CULTURE。
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
平凡的女高中生神无希（Lynn 配音）出生在贫困的家庭之中，为了能够赚钱补贴家用，身为体操运动员的她决定参加一项名为“竞女”的比赛，女孩子们身着泳装，搭载着漂浮在水面上的泡沫板，以自己的身体为武器，依靠撞击或推搡来使对手跌落水中，获胜的选手将获得巨额奖金。 竞女的世界里充满了激烈的竞争。冷静成熟的宫田纱耶香（市道真央 配音）、内向腼腆的青叶风音（本渡枫 配音）、活泼开朗的丰口乃音（大西沙织 配音），神无希和这些个性迥异但善良可爱的女孩子们在一起生活学习，彼此之间即为同伴亦是对手。在清澈的水面之上，充满了热血和激情的青春之曲正在奏响。
历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马 配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠 配音）强行拉入一个神秘组织Night Raid。Night Raid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱 配音）的领导下，赤瞳（雨宫天 配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方…… 本片根据タカヒロ（原作）、田代哲也（原画）的漫画改编。
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
