机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
在浮世英寿成为守望世界的神明后过了一段时间，撕裂和平日常生活的一发枪弹与展露身影的变异种邪魔徒 这时候还没有人知道，这个邪魔徒的登场，是毁灭人类的元凶破坏神“God邪魔徒”诞生的前兆 然后在此出现的，是白发的英寿。他变身成绽放金色光辉的Geats，然后攻击Tycoon和Na-go等人。在一行人正困惑时，另一个英寿的身影出现了…… 另一边，贝萝芭出现在吾妻道长的面前。因贝萝芭之手而让他体内沉睡的邪魔徒之力觉醒，所出现的充满不详气息的Buffa究竟是……？ 「两个英寿」的存在所昭示的惊人事实是什么？ 在破坏神的诞生分秒必争的当下，假面骑士们能否守护得住这个世界，守护得住人类呢？！
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。
故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。
1999年，一艘高精尖的外太空飞船坠落南太平洋岛，这一时间改变了战争频繁的地球历史。经过十年的研究，人类修复并重建太空船，并将其命名为“太空堡垒”。正当人类沉浸在一片自豪与喜悦中时，来自银河深处的天顶星人逼近地球，从早期的格罗佛船长、瑞克、麦克斯，到来自泰洛星的机器人统治者与让那率领的南十字军ATAC15小队爆发的第二次宇宙大战，再到已经实现外太空殖民的地球人与依靠史前能量生存的因维人的地球争夺战，接连三次宇宙大战，无数英雄登场，地球人与外星人长达半个多世纪的浩大战争相继呈现…… 本片由由美国金和声公司（Harmony Gold）根据《超时空要塞》、《超时空骑团》、《机甲创世纪》3部日本动画重新剪辑改编而成的85集长篇动画。
