1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
故事发生在位于海德星系的马汀行星之上，在这里，人类建造了大型宇宙殖民地，过着平静幸福的生活。然而，一场意料之外的爆炸令亚维人类帝国舰队找到了入侵的途径，他们占领了殖民地，成为了这里的统治者。 洛克是马汀政府的主席，为了保一己之身，他不惜出卖同胞，换来了在新帝国之中的位高权重，成为了海德伯爵。一晃眼就是七年过去，杰特（今井由香 配音）是洛克的儿子，为了继承父亲的爵位，他来到了帝都，进入学校接收星界军的翔士教育，途中，杰特结识了名为拉斐尔（川澄绫子 配音）的女子，两人结为了好友。没过多久，人类统合体舰队发动了起义，四国联起手来，要夺回他们被占领的土地。
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
