工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
春假结束，料峭时节，南家三姐妹妙趣横生的小故事继续上演。散发圣母光芒的大姐春香（佐藤利奈 配音）继续照顾一家人的起居，当然时不时会懒病爆发；最大笑果夏奈（井上麻里奈 配音）在犯傻卖萌的路上高歌猛进，与藤冈（柿原徹也 配音）、理子（高梁碧 配音）以及姐妹闹出不少的笑话；看似不在乎周围一切实则冷静观察众人的千秋（茅原实里 配音），其吐槽功夫日渐纯熟，或者一言不发，或者一语惊人。从清爽的春天到炎热的夏天，朝气蓬勃，青春活力，呆萌的小姐们如约而至…… 本片根据樱场小春的同名漫画改编，是该系列动画的第四季。
