在公元已经足以纪年的未来，一个称作“R.U.C.”的巨大企业创造了巨大的高现代化都市，而人类就在其中创造着新的历史。 秘密被制造出来的“索尔提”是世界上唯一的全部由机械制造的人形生命，同时她也拥有着自我的意识。不久，索尔提逃出了出生的地方，为了躲避来自秘密势力的追捕而在城市里逃亡。失去了记忆，也不知道该去何方的她，在城市里陆续结识了善良的人们，开始象一个凿凿有据孩子那样成长……
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
