为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
故事讲述的是在关东大沙漠那样的一片死亡之地上，数百年前，繁荣的文明毁于一旦，只留下沙海中默默矗立的高楼废墟，如墓碑般渲染着浓重的死亡气息。这里白天温度超过 50摄氏度，到了夜晚又骤降到零下，环境极其恶劣。即使在这种地狱般的世界里，仍然活动着顽强的人类。 在那里为了赚钱从看厕所到杀人什么都肯干的叫便利屋的职业大为受人欢迎,在这其中,有一位有点名声,为了完成任务可使用任何手段,集卑鄙,恶劣于一身,并不堪女色,抠门的男人。这个男人使用一把古老的霰弹枪,人们称他为砂和尚。这个被称作“砂和尚”的少年，他原名水野灌太，对沙漠了如指掌的他在这里干着代理人的工作，为了生存以及完成任务不择手段，和他在一起的助手则是被称作“小沙”的女孩小泉太湖。在充满危险的大沙漠里，展开了一个残酷的生存故事 。
「为了让来未回想起活着的感觉，我成为了人类。」 春和来未过着平淡而幸福的生活。 本以为会一直这样下去，突如其来的飞机事故却打破了这一切。 刚吵完架还没有解开误会的来未就这么失去了至爱的春。 来未失去了活下去的力气。 为了找回春的笑容，来未找来了和春长相一摸一样的智能机器人。 于是，来未和机器人春生活在了一起。 机器人春的依靠是来未曾经写下愿望的——魔方。 只要对齐魔方的颜色，就能够看到来未满溢的思念。 正当机器人春和来未渐渐的接受了对方，这时却……
今天，日高佐菜（立花慎之介 配音）回到了曾经居住过的小镇上，他即将在那个充满了欢乐回忆的地方开始新的生活。可是，今日的日高早已不同于往日，曾经饱受欺辱的日子彻底改变了他单纯的性格，更有一道永远无法抹去的伤疤要陪伴日高度过他的余生。 在小镇上，日高遇见了曾经的初恋对象八代菜菜香（小清水亚美 配音），从前活泼可爱的她，如今却变成了少言寡语态度冷淡的傲娇女，这些年究竟发生了什么使得她发生了如此巨大的变化呢？在善于插科打诨的好友若月修辅（子安武人 配音）的陪伴下，日高找回了昔日的快乐时光，但总有一份不安在心中默默的酝酿。日高知道，一场回忆的狂风暴雨即将袭来。
