由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
拉瑟尔（小林沙苗 配音）是一个黑发蓝眼，个性坚强的少女。同时，她还有着另一重身份——魔法师。某一日，因为父亲的一句话，拉瑟尔决定踏上修炼的旅途，为了成为更好的魔法师，她必须拓宽自己的眼界，用魔法帮助更多的人。亚尔赛德（樱井孝宏 配音）拥有着悲惨的回忆，痛苦的他发誓要找到杀害自己父亲的仇人，为此，他也踏上了寻仇之旅。在一次偶然中，这样的两人相遇了，虽然旅途的目的大相径庭，但两人还是结成了搭档。 在旅途中，两人遇见了表面上轻浮内心却十分专一的男子巴洛克希德（三木真一郎 配音），后者遂即加入了两人的队伍。随着旅途的延续，纠缠在三人之间的，复杂又真挚的关系开始慢慢浮出了水面。
由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太朗 配音）是眉难高中地球防卫部的部员，一天，当他们在澡堂泡澡时，邂逅了一只名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，它竟然向由布院烟和鬼怒川热史提出了想要让他们帮助他它保护地球的离谱要求。 第二天，在学校里，两人再一次见到了翁巴特，翁巴特给他们戴上了神秘的手环并且签订了契约，哪知道戴上手环之后，他们竟然拥有了变身成为魔法少女的超能力。同样拥有这种能力的，还有笨蛋一年级生箱根有基（山本和臣 配音）、对金钱有着无限渴望的鸣子硫黄（白井悠介 配音）以及在学校里人气极高的藏王立（增田俊树 配音）。
该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
