日本出生的少年人星矢，为寻找失散多年相依为命的姐姐星华，毅然前往希腊圣域接受成为圣斗士的艰苦训练，为要在银河擂台赛中夺冠并获得黄金圣衣。在比赛中，星矢与紫龙、冰河、瞬及一辉发展出一段至死不渝的友谊，并发现了一段13年前教皇的秘密…… 13年前，黄金圣斗士人马座艾奥罗斯救出正在被教皇下手杀害的女神雅典娜的转生女婴，并在临死前将女婴及黄金圣衣托付给日本人城户光政。城户光政为把黄金圣衣交托可以信赖的人，就把100个小孩（漫画版是城户光政与99个女人所生的小孩，动画版却是100个孤儿）分别送往世界各地接受圣斗士的训练，藉银河擂台赛将圣衣交予冠军人选，而女神雅典娜就正是城户光政的孙女城户沙织…… 故事中，十分强调对信仰的忠诚，以及无私奉献的友情，并强调由此信念而生的“小宇宙”之燃烧，是击破一切黑暗势力的神秘力量泉源。
此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕…… 本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。
