主人公岛村乔，某日被神秘的男人们抓住改造成了人造人。在世界的暗影中活跃着的死亡商人“黑幽灵团（Black Ghost）”为了制作划时代的新商品•人造人士兵的试验品，偶然地选择了乔。但是，乔被先前改造的8名人造人和改造他们的吉尔莫亚博士告知了当下的情况后，与他们共同从黑幽灵团逃走了。 他们在得知黑幽灵团的野心后便不断阻止敌方的行动，然而拥有着同样力量的人造人战士却只有他们。胸中怀着人类的心和机器所没有的悲伤心情，人造人战士们为了粉碎黑幽灵团的野心而不断地持续着战斗。
转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
人类没有了咏唱，就不能使用魔术。但是，有一个少女，把不可能变成了可能。利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一沉默的魔女莫妮卡埃瓦雷特。是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。但是因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里，被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。在这样的情况下，七贤人的同事结界的魔术师路易斯米莱来访。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
30世紀の未来、人類は太陽系全体に居住圏を広げ、植民惑星は50以上を数えていた。 大規模な戦争などは収まったものの、ブラディ・シンジケートをはじめとする巨大な犯罪組織が暗躍、表面的な繁栄と爛熟、堕落と腐敗の時代を迎えていた。 2911年7月8日、主人公のI・C・ブルースは、アステロイドのカジノ星・J9ランドで犯罪シンジケートの大ボス、ブラディ・ゴッドと出会い、新太陽系の主要惑星50個を1年以内で全て踏破できるかという、世紀の大勝負をすることになる。 ブルースとその仲間たちは、800年前の伝説的英雄・コズモレンジャーJ9にあやかってJJ9（ダブルジェイナイン）を名乗り、シンジケートの妨害と戦いながら、蒸気機関車型自家用宇宙トレイン・J9-III号を駆って賭けに挑む。
