頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
故事发生在日本北关东的眉难市，毫无干劲一点也不像年轻人的修善寺镜太郎（下鹤直幸 配音）、虽然看起来非常的元气但意外的毫无意志力的雾岛龙马（石井孝英 配音）、拥有超级丰富的脑内知识库的行走活字典万座太子（安田陆矢 配音）、和无论做什么事情都会全力以赴的道后一六（叶山翔太 配音），这四个非常不靠谱的高中男生组成了“地球防卫部”。 虽然顶着听上去非常厉害的名头，但实际上，每次部活大家都是什么也不做，非常悠闲懒散的插科打诨。一天，在一场意外之中，一位名叫卡鲁鲁斯（江口拓也 配音）的异世界美少年在误打误撞之中来到了地球防卫部。
2050 年的首尔，宇航员兰英的终极目标是登陆火星，但她未能通过第四次火星探险计划的最终考验。音乐家杰伊将梦想埋葬在一家古董音响店里。 两人在一次偶然的相遇后坠入爱河。他们互相鼓励，憧憬着新的未来。兰英再次获得了前往火星的机会，这正是她一直以来的愿望。 “别忘了，在这片浩瀚太空中，总有人在为你默默加油。”
这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 但人，神，魔三族共同战斗 作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 二千年以后，世界始终和平安宁 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 某一天 一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 世界的均衡渐渐被打破 当巴哈姆特再次发出吼声之时 世界再次落入绝望的深渊 世界啊，毁灭吧！ 某个声音如此肯求着
《Fate/stay night [Unlimited Blade Works]》分割放送的第二期圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的七名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与七名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这七组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与Servant中的剑士Saber订定契约，被卷入圣杯战争当中……
