恋爱研究所

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，                                                                      　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个                                                                      　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。                                                                      　　两国之间的抗争持续了150年，                                                                      　　以无边无际的广袤银河为舞台，                                                                      　　重复着无止境的战斗。                                                                      　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，                                                                      　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治                                                                      　　侵蚀着两个国家。                                                                      　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。                                                                      　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，                                                                      　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。                                                                      　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

　　在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……                        

　　本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏的Heaven's Feel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。
　　在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间 所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。
　　最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...

所谓“炼金术”，即通过不同组合产生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为神秘研究之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模仿蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。                                                                      　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出，一齐遭到释放。偶然被卷入该事件的主人公为高中生 · 一之濑宝太郎，被托付了假面骑士Gotchard的变身腰带“Gotchar驱动器”，与回收散落于世间的Chemy的使命。