《太乙仙魔录》为明代背景下的仙侠故事，讲述的是玄魔两道之间已经持续了数千年的纷争。因两道的决战接连两次发生在昆仑山，故又被称为昆仑之战。传说第一次和第二次昆仑之战玄门都在南极帝君和紫薇女帝的帮助下击败魔道，为中元界带来和平。我们的男女主角——小皇帝朱允炆和玄门弟子冷霜凝，正是南极帝君和紫薇女帝的转世。此番玄门内部生变，魔道众人也打算趁虚而入，第三次昆仑大战迫在眉睫。而这一次的大战的走向因为一股神秘力量的介入而显得更加阴云密布，中元界就此陷入危机。
同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
