晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
云青岩为了化解新的危机，拜入了天元王朝十大学院之一的星空学院，在这里他结识热血兄弟苏图图，同时也得罪了天元王朝最顶尖的三大天骄！不过云青岩凭借仙帝手段，镇压了一个又一个敌人，化解了一次又一次的危机。当他有一天，回首过去的时候，他已经站在了天元王朝的巅峰。此时的云青岩，眼中看到的，早已不是小小的天元王朝，而是那浩瀚无垠的星辰大海。
天元的宇宙决战后，濒死的罗煞在千钧一发之际，被远古超文明时代爆裂帝王——猎天魄所救，来到地球。罗煞为了复仇，企图集齐6枚隐藏在遗迹里的爆裂晶片，复活猎天魄，利用其征服世界。飞伦和擎锋从天元宇宙胜利归来，高兴之余在极寒之境遗迹中再度遇见被打败的罗煞，得知其意图复活猎天魄、统治世界的野心。于是飞伦、擎锋与周皓博士联手，开始了抢夺爆裂晶片、阻止猎天魄复活的行动，踏上了前往世界各地的遗迹之旅。
千年前，人类与这片大陆上称霸的恶兽对抗，勇敢的猎人得到星兽龙王的力量成功驱逐恶兽，星兽猎人从此诞生，兽族也分化为两个派别——星兽和恶兽。少年星成梦想成为出色的星兽猎人，与凯炎兽搭档击退恶兽后得到爸爸认可，进入圣猎联盟学习，并与东阳、西亚、蓝夜成为好友。此时，禁龙猎团鼓动恶兽袭击人类，星成爆发驭龙之力解决危机，凯炎兽却被负能量影响失控。为拯救凯炎兽，星成前往圣山求助圣铠龙团，却遭到禁龙猎团袭击，星成凭借赤焰双龙和凯炎兽的力量击败禁龙猎团。再度失控的凯炎兽离开大家后被禁龙猎团捕捉，星成为救凯炎兽付出驭龙之力，却解封了暗亡魔龙，让猎人世界陷入危机。最后星成唤醒星兽猎神，一举击败暗亡魔龙，恢复世界和平。
