晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
狗熊岭附近新开业了一个神奇的“狂野大陆”，在那里，通过基因技术人可以自由变身各种动物，享受无比的自由和快乐。导游事业受挫的光头强，阴差阳错与神秘人乐天和熊二组队，参加乐园里奖金丰厚的比赛，却遭遇了队友乐天的背叛，历尽艰险终于获得冠军之际，却意外发现狂野大陆里隐藏着惊天的阴谋......
医道天才杨云帆在山上苦修多年后，下山寻找白富美未婚妻，却被视作乡巴佬打发了。令人想不到的是杨云帆看似普普通通，却身怀绝技，任何疑难杂症到他面前都手到病除，各种奇遇和危险迎刃而解。众人对他刮目相看，未婚妻以及各路美女投怀送抱，而他秉持着侠义当先的精神，救死扶伤，最终成为一代神医！
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
