喜武屋七叶，一个活泼的女中学生。奶奶在冲绳岛上经营有着独特风味的冲绳荞麦汤面店。千叶酱和作为高中校花的姐姐七绪，以及有着很强神佛灵感的小学生妹妹心七居住在一起。某一天，那个用咒文封印着喜欢在细叶榕树林中居住的树之精灵的瓶子，却被打开了盖子。出现在七叶面前的是有着可爱小女孩身姿的精灵妮娜。还有同是树之精灵的拉娜，以及化身为凶恶狮子的伊娜也先后出现了。就这样，本应过着悠闲和睦生活的千叶酱，被不可思议的卷入了精灵们带来的波澜之中……
宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）和宫川敦美（钉宫理惠 配音）姐弟两人之间的感情十分深厚。敦志是一个拥有一米八零大高个的小学五年级学生，看起来十分稳健成熟。而敦美已经升入了高中二年级，身高却只有一米三七。 走在外面，敦志和敦美常常会被误认为是兄妹，两人的身高和样貌亦常常闹出不少笑话，实际上，是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜（平野绫 配音），天真单纯的班主任盛山二见（田宫智惠 配音）、敦志暗恋着的同班同学雏（内田彩 配音），这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围，在他们最需要帮助的时候伸出援手。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
由CCG发起的对「枭」的讨伐战的12年前—。 东京13区内，名为「灯笼」的食尸鬼频频捕食人类，成为了CCG的搜查目标。 高中生·富良太志，受因为伤痛而无法继续打棒球的挫折的影响，与曾经的队友兼挚友的阿凉与阿秋一起做起了不良少年。 后来，与阿凉交恶的太志离开了两人，开始了独自行动。凉与秋虽然担心着太志，但也难以向太志启齿表明。 某一日深夜，与不良集团在一起的凉与秋被「灯笼」所袭击。正巧经过的太志，想要救助两人却敌不过食尸鬼。这时，同班同学·有马贵将出现了——
