砂刑历93年—— 被砂海覆盖的世界中有一群人生活在小岛一般的小岛漂泊船「泥鲸」上。 这个完全与外界隔离的岛上有513人。分为拥有以感情发动源的超能力“情念动”却寿命较短的「印」，和没有超能力却寿命较长的「无印」两族。 岛上的记录员「印」族的查克洛某日在调查漂流到「泥鲸」的废墟船时，遇见了神秘少女“莉可斯”。 这次岛上人第一次与外界的接触，会成为打开新世界的福音吗——
兵藤一诚本是一个平凡的高中生，却莫名其妙地在第一次约会当中被真身为堕天使化身的女友杀害！ “你已经转生变成恶魔了。为我工作吧！” 在生命垂危之际，一诚被学校的学姐莉雅丝·吉蒙里所拯救，而代价则是被真实身份是恶魔的莉雅丝转生成她的恶魔随从。一诚为了主人的胸部还有自己的梦想，就此开始了“刺激”与“危险”的新生活！
将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
