四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
大明初起，明太祖朱元璋设锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势煊赫。锦衣卫沿袭百年，南北镇抚司势如水火，相争不下。朝堂党争激烈，江湖盗匪猖獗，盛世繁华之下，却隐藏着汹涌暗流……
上古时代，只身在空旷的原野中生活的女娲为了缓解孤独，用泥巴捏制出无数小人，小人们随后变作有生命的女人和男人，他们结合繁衍出后代，日子过得幸福快乐，女娲看着后代满足地进入梦乡。后来，火神和水神发生争执大打出手，一时间天地动摇，女娲的后代陷入水深火热之中，发出连连惨叫。 女娲被惨叫声惊醒后，立刻从腰际摘下一片绿叶抛掷水中，绿叶变作扁舟救下溺水的人儿。随着火水两神战斗的升级，更可怕的事情发生：天被他们撞出裂缝，滚滚落下的碎石砸伤了许多逃命的人儿。女娲见状，忙托起五彩巨石填补天上的一个个空洞，但风太猛烈，不待她填补完毕，裂缝已经扩大，女娲遂用自己的身体将天补好。在她修补过的地方，隐约出现闪闪发亮的星座。
上古十大神器“太一轮”，因在其刻上了“太白克太辰”，使得历史产生了巨大的变化。太白帝国由于量产“机关兽”，并用其强大的武力掌握了神州大地。但野心无垠，太白帝国为了追求比神州大地更辽阔的版图，意图取得天下。时为太白历99年。太白帝国疆土底下烽烟四起，天下各地都持续着帝国与反抗军的战斗。在用古代动力驱动的帝国“机关兽”面前，一名反抗军少女手持传说中神器之一“轩辕剑”挺身而出。而那时，少女的青梅竹马少年却沦为帝国的奴隶。命运使然，即使少年的聚落曾被袭击，他仍然无法自拔地深陷于机关术的魅力之中。在历经了生离死别各种造化之后，两人皆以为与对方生死相别却又重逢时，众人的命运，也尽被卷入了历史的滚滚浪涛之中。
