当今朝廷大肆招揽穿越者，根据他们的才能予以各种职位，改变当下落后的文明，试图创造新世界。身为旁门少主的左云起，为拯救父亲，伪装成穿越者混入朝廷。却被专业鉴别穿越者人士楼主识穿，两人斗智斗勇，闹出百般笑料，最终达成了合作共识。就在两人共同阻止了一场惊天阴谋的同时，发现穿越者偷偷建立了联盟，试图推翻当权者，建立和平共处新社会，左云起一行人被迫参与其中，卷入这场争夺之战。
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城， 零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来 的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在 个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤， 零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱 克学员的路程。
七剑合壁之后，马三娘命丧莎丽剑下，她的尸体顺着河流漂下，在一个雷雨之夜,马三娘从前偷来的雪舍利和雷电的力量相结合竟然让她复活了。万念俱灰的马三娘想起了十二年前被她抛弃的儿子，于是来到雪岛寻子。岁月悠悠，马三娘的儿子阿木已经长成了一位风度翩翩的英俊少年。阿木本性善良，可他身上却有一股邪恶的力量，一旦他动了怒气，额头上的第三只眼就会睁开，并发出强大的能量。马三娘得知阿木的第三只眼是天底下最邪恶的力量，于是企图诱使阿木用第三只眼夺取风、雨、雷、电四大神兽的内丹，进而得到麒麟,好让马三娘东山再起,称霸武林。灾难开始步步紧逼，麒麟危在旦夕。虹猫、蓝兔双剑出鞘，雷霆出击。刀光剑影里，正义与邪恶开始激烈交锋…
汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。
