随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
富士树海的深处，竟然通往异世界？这巨龙在天空飞舞的情景，根本就是典型的奇幻世界！单纯只是个高中辍学生的慎一，有天忽然被带到如此脱离常轨的状况中。虽然慎一拥有轻小说作家的父亲与H-Game原画师的母亲，可说是血统纯正的御宅族。但是他可没有什么特殊能力，拥有的只是对「萌」的 知识、见识与直觉。而他却必须去跟真正的异世界进行交易，慎一被赋予的任务，就是「萌的传教」！于是，还搞不太清楚状况的他，由本性有点腐的女性自卫官护卫，还跟半精灵女仆与美丽的幼女皇帝变得越来越熟。而就在一切渐入佳境的时候，却遇到恐怖分子！？
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
