终有一天会成为最强的炼金术师？

　　男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。                                    
                               　　比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？

　　1989年，日本。                                    
                               　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。                         

从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。

　　在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
　　被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中
　　和同伴一起也成长了很多。
　　因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。
　　新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。
　　一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。
　　另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失
　　被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪
　　并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。
　　贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。
　　“无形帝国”向死神们宣战。
　　5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭
　　历经千年之久死神们所背负的因缘。
　　那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。
　　一切都走向终结。
　　黑崎一护，最后的战斗开始了——

故事发生在平安时代中期，疾病和灾荒令原本的政府逐渐没落，如今是武士与阴阳师的天下，而这两方势力为了争夺完全的统治权而展开着无休无止的争斗。为了拯救百姓与水火之中，政府命令源赖光（三木真一郎 配音）出发寻找可以为人们带来幸福的勾玉，可是在出发至极，源赖光却卧病不起，无奈之中，只得由他的妹妹源光（水泽史绘 配音）女扮男装替兄出征。                                                                      　　在忠心耿耿的家臣渡边纲（三宅健太 配音）的护送下，源光踏上了旅程。一路上，她结识了许多身怀绝技的旅伴。吟游乐师万岁乐（三木真一郎 配音）和年岁过百的阴阳师安倍晴明（德丸完 配音）成为了源光寻找勾玉的得力助手，然而，就在勾玉的下落渐有眉目的时候，源光却从源赖光处得到了安培晴明想要毁灭京都的噩耗。一边是兄长，一边是生死与共的同伴，源光究竟应该相信谁？