瞬间治疗却被视为无用而被流放的天才治疗师，以暗黑治疗师的身份幸福地生活着

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，                                                                      　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个                                                                      　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。                                                                      　　两国之间的抗争持续了150年，                                                                      　　以无边无际的广袤银河为舞台，                                                                      　　重复着无止境的战斗。                                                                      　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，                                                                      　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治                                                                      　　侵蚀着两个国家。                                                                      　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。                                                                      　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，                                                                      　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。                                                                      　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。                                                                      　　但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。                                                                      　　一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——

　　击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。