故事发生在未来世界的一个海边城市，主人公小宏是一名运动健将，无论什么球类都玩得出色。小宏的妈妈经营着一家包子店，一 天放学后，小宏来到店里吃香喷喷的包子，然后帮助妈妈整理仓库。无意中，小宏发现了一颗神秘的小珠，可却引来坏人前来抢夺，想 要用小珠的力量实现野心，此时，一个有生命的迷你车变成神奇的伙伴，帮助小宏赶跑了坏家伙。小宏得知，妈妈曾经和它一起守护城 市，可是却意外失去了记忆。为了帮助妈妈找回记忆，小宏出发寻找神秘的珠子，并和伙伴们一起成为保护城市的小英雄。
一位来自外星球的O先生，改写了YUMMY与MOCO原本安逸的生活轨迹。当一颗神奇的流星坠落艾飞小区时，它没有改变人类的生活，却大大改变了MOCO的命运：原来他不是一只柯基，而是来自外星球的高等智慧生物！伴随外星人O先生的到来，MOCO在得到说话能力的同时，竟也面临要被带走的命运，YUMMY与MOCO原本安逸的生活将被改写！
随着伍六七回到玄武国寻找他的身世，亦引起了七大暗影刺客的追捕。然而每一位暗影刺客都带着不同的目的和不同的过去，青凤的阴谋也在此浮出了水面。而此时等待着小鸡岛上的人民，又将是另一个危机，伍六七将如何面对他的抉择？
前往古动物馆参观恐龙化石的心奇和霸王龙意外穿越到千万年前的恐龙时代，在永川龙——永宝的帮助下一起找寻回家之路。在这段惊奇刺激的旅程中，心奇、永宝和霸王龙一路领略美丽迷人的自然风光，并遇到了许多不同种类的恐龙。他们和温顺友好的食草恐龙交朋友，和狡诈凶恶的食肉恐龙斗智斗勇，最终合力战胜了居心叵测的暴龙，赢得了开启时空隧道的钥匙，在火山爆发之前和这片陆地上所有的恐龙一起回到了原来的世界。
在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
小逸，一名梦想成为跳跃小子的少年。机缘巧合之下结识了跳跃战士-烈火骑士。在一次对抗反派势力搞事王的事件中，小逸与烈火骑士并肩作战，化解了搞事王所制造的城市危机，并从此结为了伙伴。此后小逸还认识了很多跳跃小子和其他的跳跃战士，并与他们结为了朋友，和烈火骑士也开始了以参加职业跳跃小子选拔为目标的训练，期间发生了很多有趣的事情。而搞事王也在频繁地制造麻烦，对城市的安全造成威胁，在烈火骑士的帮助下，小逸与朋友们携手作战，频频破解机关，化解危机，发生了一系列惊险的故事，最终他们依靠团结、努力、勇敢的友情力量打败了搞事王，成功拯救了城市！
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
