基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
16岁的这一年，林宁即将迎来自己的再一次转学，随风而行的叶，没有决定方向的自由，风景辗转成歌，我却只是个过客。永远陌生的城市，永远陌生的学校，永远陌生的人。渐渐地，在无法摆脱的孤独中陷入疲惫和麻木，甚至找不到挣扎的理由，直到遇见了他，我开始相信，世间总会有那么一个人，与我而言，是光的存在。那些不可言说的心事，那些稚嫩美好的悸动，想要靠近光的奢望一点点萌芽，让我愿意丢掉枷锁，我们算是朋友吗？挣脱风的挟裹，我不想再转学了，然后走向你，我喜欢你，从看见你的第一眼起……
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。 4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
