本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
来自地球的花仙魔法使者夏安安（醋醋 配音）跟随傲娇小王子库库鲁（冯骏骅 配音）肩负使命来到了世界海的尽头，传说中的花之国度——拉贝尔大陆，试图解除黑暗魔神侵袭的危机。不料与此同时，宿敌迷之王子塔巴斯（谢天添 配音）回到了邪恶女神的身边，抢走了夏安安辛苦集齐的所有花仙精灵 王，并把安安最要好的三位同学黑化成了暗黑魔女。曾经的美好都已化为邪恶，曾经的朋友成为敌人！灾难面前，似乎一切都毫无胜算！那么这场冒险之旅凶吉几何，地球家园又将由谁来拯救？古灵仙族、勇气古堡、风沙王国，一幕幕美丽画卷逐渐打开；西蒙（黑石稔 配音）爱德文（沈达威 配音）、曼陀罗王子（夏磊 配音），一系列知名角色悉数登场，正邪大战一触即发，纯粹之心能否经得住黑暗魔神的考验？花之国度的灾难能否就此终结？
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
