15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
故事的主角纱伊阿九斗，为了替社会尽一份心力而转入康士坦魔术学院就读，并以成为国家一级魔法师为目标而决心努力。没想到第一天上课的就获得一段内容相当夸张的预言，拜预言所赐，等待他的是堪称多灾多难的校园生活。他将面对被身为班长的女同学怨恨、被一名拥有不可思议能力的少女黏着不放，甚至还遭到帝国监察员的少女型人造人随时跟监等……
在同学的眼中，森田真由（花泽香菜 配音）是一个沉默寡言的神秘女生。其实，真由的个性并非如此，母亲森田由美（七瀬亜深 配音）的教导影响了她的性格，导致真由每一次想要说话的时候，都在脑中进行着信息量巨大的深思熟虑，而正是这样的思考，另真由错过了最佳的应答时机，久而久之，落下了无口女的称号。 但是，这样的真由并不寂寞，率真坦诚的村越美树（戸松遥 配音），知识量充沛的三浦千寻（早见沙织 配音），单纯野性的松坂花（南条爱乃 配音），学习和运动皆是万能的山本（平贺三恵 配音），在这些同学的陪伴下，真由的学校生活常常充斥着数不尽的惊喜和笑料。
