在山海奇境的故事中，阿凉通过祠堂的神秘画卷结识魔法王妃，领悟了魔法凉帽的精神。在海底帮助小动物时，发现珊瑚秘境里有人类在山中生活的遗迹。与此同时，魔法王妃给阿凉预示，海洋即将遭遇危机。黑商利用海灵珠，操控海灵掠夺各种奇珍异宝，导致海灵失控灾难频发，海底世界一片破败，凤凰山秘境也动荡不安。在魔法王妃指引下，阿凉在秘境森林里发现了海洋文明的遗迹，明白了山海相连、自然平衡的秘密。阿凉秉承魔法王妃的精神，凭借勇气和智慧归位海灵珠，成功阻止灾难发生，凤凰山和海底恢复生机。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
古代神州大陆，华夏王朝和涂山妖国千百年来纷争不断，势不两立。来自华夏的张狂云和来自涂山的天狐公主白冰岚，因误会而相识。为探查敌国的底细，白冰岚潜伏到张狂云的身边，成为他的随从跟班。在身份落差、理念碰撞、情感成长的同时，随着一步步的探究，张狂云渐渐发现，原本以为姑母一家被屠、恩师深山被杀，只是孤立的偶然事件，没想到抽丝剥茧之下，一个前所未见的巨大阴谋，在剑气纵横、血火纷飞中，渐渐浮出了水面……
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
