异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
钢铁飞龙战队少年们发现在海湾城里，出现了一群名为“捕梦者”的神秘怪兽，它们能够激发出人类内心中诸如自私、嫉妒、恐惧等负面的精神能量，以此来控制人类、强化自身。为了打败“捕梦者”及其背后的主使——外星邪恶势力谬博士，少年们再次召唤杰博士发明的神兵机甲，与“捕梦者”展开一次次较量。在这过程中，大家战胜“心魔”，改掉坏毛病，收获了感悟与成长。
古代神州大陆，华夏王朝和涂山妖国千百年来纷争不断，势不两立。来自华夏的张狂云和来自涂山的天狐公主白冰岚，因误会而相识。为探查敌国的底细，白冰岚潜伏到张狂云的身边，成为他的随从跟班。在身份落差、理念碰撞、情感成长的同时，随着一步步的探究，张狂云渐渐发现，原本以为姑母一家被屠、恩师深山被杀，只是孤立的偶然事件，没想到抽丝剥茧之下，一个前所未见的巨大阴谋，在剑气纵横、血火纷飞中，渐渐浮出了水面……
三年前，云岚宗少宗主纳兰嫣然贸然退婚，倍感耻辱的萧炎遂与纳兰嫣然定下三年之约。为了这个约定，萧炎一直修炼不息，从魔兽山脉到塔戈尔沙漠的历练，从炼丹到吞噬异火的焚身之痛，都为证明那句话：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷”。如今，萧家男儿必将迎难而上，永不退缩，萧炎的成长之路仍在继续……
企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
