该片讲述了一群孩子，暑假在森林玩耍，从发现“反季节生长的外来生物” 开始，到气温极速下降，从零上 40 多度，迅速降低到零下 30 多度，温差的极速变化，导致大片的植物死亡了，动物和人类生病 了，瘟疫四起，社会混乱。绿绿星球的小朋友看到美丽的家园一片狼藉，被人破坏，决心找到罪魁祸首。经过一番探寻，发现这些都是垃圾人想掠夺星球资源，而搞的破坏行为。于是一场保护“美丽家园”不受侵袭的，“爱绿色有健康”正义之战打响了。
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
火桑重逢奏响罪血悲歌，灰烬落处石灵绝境重生。
