奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
花园百合铃（大森日雅 配音）是一个标准的中二少女，虽然已经升入了大学，还整日里一副哥特萝莉的打扮，虽然右眼带着眼罩，但实际上视力毫无问题。表面看来，百合铃有些古怪和难以接近，可实际上，她对待朋友非常的热情友善。一次偶然中，百合铃竟然从魔界里召唤出了恶魔邪神酱（铃木爱奈 配音），她可是那里里地位最崇高的恶魔。 邪神酱一心想要回到魔界，而回去的唯一方法就是杀死她的召唤者百合铃，可是实际上，邪神酱是一个笨手笨脚的废柴，每当她设计想要袭击百合铃时，总是会被后者在有意无意之中一招化解。除了邪神酱外，美杜莎（久保田未梦 配音）、佩柯拉（小坂井祐莉绘 配音）等恶魔也降临人间。
蕾是个非常喜欢花草植物的中学二年级生，绘里香是个喜欢服装设计的中学二年级生，某日她们梦见了在一个充满美丽花草的地方，还有妖精四处飞舞····· 而就在几天后转学到明堂学园的蕾，真的遇上了在梦里见到的妖精，妖精也向蕾表示，希望她能够为守护“心之大树”、并让大家的“心之花”绽放而战······一次偶然的机会，绘里香也加入了进来，和蕾成为了光之美少女……
一直被贴着受欺负孩子标签的实。希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。然而，仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。那之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知——
星川博士从事研究绿之星时受到银帝军的袭击，生死未卜，而机械人G6负责将博士的5位子女带回地球。20年后，银帝军已攻占999个星球，继而转攻地球。当年的5位兄弟姐妹肩负起起守护地球的责任，组成＂地球战队＂。他们5人平时的身份是一所小学的老师。
经过1800年的岁月洗礼，源自古老中国大陆的暗杀拳——北斗之拳终于迎来最强盛的时刻。掌门人琉泉收养的四位养子：拉奥、托奇、加基和健四郎经受住无数磨练，早已锻炼出强壮之躯。为了防止武功外泄，千百年来北斗之拳都严守着单子相传的铁规。面对四个强大的养子，琉泉最终选择更具悲悯之心的健四郎为继承人。这一决定，也导致了四兄弟的分道扬镳。与他们一同长起来的，还有自幼失去父母的尤莉亚。尤莉亚对健四郎心有所属，情愿与之绝走天涯。尤莉亚圣洁、美丽，不仅健四郎为之倾倒，拉奥、托奇甚至南斗水鸟拳的殉也深爱着她。也由此，这群末世英雄谱写了一段段悲壮感人的传奇诗篇…… 本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第二部。
