1999年に放映され、ダイナミックな３DCGアクションで話題を集めた「ゾイド」の第２期シリーズ。今作は格闘技をテーマにして内容を一新、“ゾイドバトル”の頂点を目指す少年の熱い闘いを描く。前作のはるか未来、惑星Ziでは巨大機械生命体ゾイドを操る戦闘競技ゾイドバトルが流行していた。少年ビットもその参加者だ。彼の夢は、いつかゾイドバトルの頂点に立つこと。強力なライバルたちと激しい闘いを繰り広げるビットだったが、やがて悪の組織の陰謀が明らかに…。
拥有名为“个性”的超常能力的人类的存在变得理所当然的世界。与No.1英雄·欧尔麦特相遇了的“无个性”少年·绿谷出久，小出他的隐藏的英雄资质被发现，并继承了欧尔麦特的“个性”——ONE FOR ALL。而后小出成功地进入了英雄辈出的名门校·雄英高校，与同学们过着互相比试切磋琢磨的每一天。 雄英高校的学生们激烈比试的大活动「雄英体育祭」、在职业英雄手下磨练技艺的「职场体验」、与“英雄杀手”斯坦因的死斗、期末考试中与欧尔麦特的战斗，然后是与敌联合的死柄木吊的邂逅…。在一个个试炼面前，目标着成为职业英雄而果敢的站了出来的出久。另一方，死柄木与欧尔麦特的宿敌·ALL FOR ONE的同伴也增加了，并伺机蠢蠢欲动。为了成为最棒的英雄的出久的步伐、以及与敌人们的战斗，日渐加速！
本来是贸易公司社畜的一宫信吾，在一觉醒来之后竟然发现自己转生来到了异世界，成为了贫穷贵族家最小的孩子威德林（榎木淳弥 配音）。虽说自己的身份是贵族，但威德林的日子却并不好过，他既无法继承领地，又不擅长使用魔法，威德林必须依靠自己的力量迅速强大起来，才能够为自己在这里挣得一份光明的前途。 好不容易迎来了12岁的生日，威德林进入了冒险者预备校就读，并且在误打误撞之中取得了男爵的封号。温柔可人的艾莉丝（西明日香 配音）、开朗活泼的露易丝（三村有己 配音）、个性认真的伊娜（小松未可子 配音），威德林很快就在这里交到了朋友。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
故事发生在遥远的未来，一种神秘的病毒侵袭了地球，十三岁以上的人类全部灭绝，可是，对于那些幸存下来的孩子们来说，活着却并不意味着幸运，横空出世的吸血鬼一族成为了地球上的统治者，而这些孩子们则作为它们的口粮被“饲养”起来。 优一郎（入野自由 配音）和米伽尔（小野贤章 配音）不愿意向命运低头，为了反抗，优一郎加入了日本帝鬼军，成为了月鬼组的一员。在那里，优一郎结识了特立独行的柊筱娅（早见沙织 配音）、善良软弱的早乙女与一（冈本信彦 配音）、温文尔雅的君月士方（石川界人 配音）和大大咧咧的三宫三叶（井口裕香 配音），五人成为了生死与共的战友。
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。 随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
