第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。
本片是中国最早引进的一部日本美少女类动画作品。 继承了花仙血统的少女小蓓（原名是Lulu Flower）在12岁生日当天遇到了花仙使者，她接受了花王国的任务，并得到一把“花钥匙”，为了完成自己的使命，她展开了寻找能带来幸福与快乐的“七色花”之旅。旅途中她受到了娜娜小姐和狸猫波琪的阻挠，但勇敢的小培，她用非凡的毅力与智慧，在朋友咪咪、来福和嘉文的帮助下，借助“花钥匙”的神奇力量，克服旅途中的困难，一次次化险为夷。她热心帮助别人，在旅行中结交了许许多多的朋友，并且得到了他们的祝福。历经了千辛万苦，小培终于在充满了大家爱与真诚的花园中，找到了七色花，完成了国王交给的任务，也找到了自己的幸福。
在同学的眼中，森田真由（花泽香菜 配音）是一个沉默寡言的神秘女生。其实，真由的个性并非如此，母亲森田由美（七瀬亜深 配音）的教导影响了她的性格，导致真由每一次想要说话的时候，都在脑中进行着信息量巨大的深思熟虑，而正是这样的思考，另真由错过了最佳的应答时机，久而久之，落下了无口女的称号。 但是，这样的真由并不寂寞，率真坦诚的村越美树（戸松遥 配音），知识量充沛的三浦千寻（早见沙织 配音），单纯野性的松坂花（南条爱乃 配音），学习和运动皆是万能的山本（平贺三恵 配音），在这些同学的陪伴下，真由的学校生活常常充斥着数不尽的惊喜和笑料。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
明日香（能登有沙 配音）是一个性格十分“天然”的特别女孩，她就读于初中三年级，无论是上学路上，还是在学校里，明日香经常会做出让人意想不到的天然萌举动、说出让人无法招架的话。加上长相甜美可爱，身材姣好，她所到之处都会卷起一股“明日香”之风，令周围的男性心花怒放。出场人物还有明日香的摄影师爸爸，以及同校的学妹等角色，明日香独特的个性也影响到身边人。 本动画改编自森泰士作漫画作品《天然萌少女明日香》。
作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
