靠著DNA鉴定选出数名可能是“阎祸子孙”的人类或生物。为了确定谁是“阎祸之子”，拟定了“和乐家族计划”──将所有可能是“阎祸之子”的人结合成一个家庭共同生活。对策局对策一课行动部队队长乱崎凰火以“父亲”的身分被强制参加。
为了探望身患重病的母亲，海棠晴（森川智之 配音）从日本远赴加拿大，待到抵达之时才发现，母亲的病危只是谎言，自己所要面对的，是自己横空出世素不相识的弟弟海棠零（皆川纯子 配音）。悲惨的童年经历令零幼小的心灵伤痕累累，他桀骜孤僻，不相信任何人，也不服从任何管教。 温柔善良的 晴用无微不至的照顾渐渐融化了零内心里的坚冰，当暑假结束晴要返回日本之时，兄弟两人约定有朝一日要在日本相聚。之后，一场车祸夺走了晴的一切，包括他和零在一起的记忆，当零千里迢迢来到日本之时，出现在他眼前的，是已经忘记一切面目全非成为牛郎的晴。
曾经，因为不满宙斯的残暴统治，由麒麟由达（石田彰 配音）和凤凰路卡（绿川光 配音）带领的天使们开始了反抗天界的叛乱。作为敌对方，天界派出了青龙豪（森川智之 配音），玄武真（樱井孝宏 配音），朱雀礼（宫田幸季 配音）和白虎凯（吉野裕行 配音）四圣兽来镇压叛乱，最终，由达和路卡被封印，而四圣兽也因为各自的原因而封印了能力流落到人间。 故事从四圣兽打破封印的时刻开始，一股来自地狱的邪恶力量正在危害人间的和平和安全，为了保护世人，四圣兽决定重新开始漫长的战争。而站在这股邪恶力量背后的，正是他们曾经的伙伴和敌人——由达和路卡。
在非常遥远的未来，人类反抗机器人的贵族统治之战即将进入尾声。故事的舞台是与世隔绝的暴风雨之塔，里面住着弗里盖琉公爵的女儿多罗斯赛露、管家凯迪西多尼斯等人，故事便是围绕着大小姐和管家两人的日常对话而展开的。
这是，某个冬日的故事。 女高中生抚子刚从静冈搬家到山梨，为了观赏“绘制在千元纸币上的”富士山，骑着自行车来到本栖湖。但不巧天气是阴天，没能看到富士山，抚子累得当场躺下睡着了。当她醒过来的时候，时间已是深夜。在第一次到达的地方，早已忘记了回家的路途。一个爱好露营的女孩子凛，向不安胆怯的抚子伸出了援手。为了温暖冻僵的身体，两人点燃了篝火。噼啪噼啪的柴火爆音，在静寂的湖畔显得沁人心脾。围着篝火，抚子和凛一边捧着咖喱面一边对话。终于，两人期盼已久的瞬间到来了。 “看到了……富士山……” 抚子与凛，由两人的相遇而衍生的户外系girls story开始了。
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
