在未来世界，温室效应令全球水位上涨，很多地区被淹没在海洋里。
主人公是居住在某个海洋都市里的15岁少女水树玛依雅是一位十分优秀的海洋厅后备人才，模拟考试笔试第一，正式考试的操作也是第一，面试时也十分自信，可就是这样一位优秀的人才居然落榜了。刚刚失去唯一的亲人、相依为命的爷爷，又没顺利进入海洋厅的玛依雅，可谓是穷困潦倒，由于意外的事件就职在了环绕海洋都市展开工作的小型私人连锁企业All Round Service 也就是“什么都做的公司”的尼丽德支店，然后开始了在尼丽德公司工作、冒险生活。
人类与怪兽之间的战斗，已是遥远的过去。 现在是宿有过去的怪兽之魂的少女“怪兽娘”出现的时代。 成为放晴GIRLS一员的阿基拉、米克拉斯、乌英达姆， 确实地有所成长，过着充实的每一天。 某天，传来了新种的“影”引发问题的情报。 另一方面，GIRLS成员“嘎次星人”， 感觉到了不可思议的身体变化……
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
八坂真寻（喜多村英梨 配音）是一位单纯平凡的高中男生，某日，他在路上意外地遭遇到了不明生物的袭击，就在这生死存亡的危机时刻，一位银发少女从天而降，成功保护了真寻的性命。少女名叫奈亚子（阿澄佳奈 配音），据说来自外星球，奈亚子告诉真寻，自己是邪神化身，此次来到地球，正是为了保护真寻。 就这样，奈亚子开始了和真寻同进同出的生活。外表冷漠个性糟糕的变态少女克子（松来未佑 配音）、个性胆小害羞但拥有强大力量的莲太（钉宫理惠 配音），这些个性迥异的外星人们接二连三地出现在了真寻的身边，平静的生活就此彻底与真寻无缘！
在人类的心理状态和性格倾向都能被数值化的未来。所有的感情、欲望、社会病态心理倾向等全部被记录并管理，大众以“好的人生”作为目标，竭力于数值性地实现它。所有的监控摄像头都已经被升级和联网到一体，通过监视人类的色相浑浊程度和声音、视频等信息用来计算人类的每个心理状态和个性倾向所衡量的值，通称：（即片名：心理测量者PSYCHO-PASS），它被用作判定人们的思想应有PSYCHO-PASS状态、个人精神本身。通过计算这些数值，系统可以自主断定一个人最理想的工作，感情，心理压力，甚至犯罪意图。因此，为让大众达到“理想的人生”这个指标，人们实现这些数值就变得非常积极。然而，有关犯罪的数值，也就是“犯罪指数”也会被测量，当然犯罪者亦是如此。因此，人们需要不断地保证自己的指数在正常范围，否则会被系统认为是潜在犯，将会被"矫正"。而同在监视下维持治安的工作的刑警被分为抓捕犯人们的行动部队“执行官”、以及监视指挥执行官们的“监视官”一起合作执行任务。优秀的“执行官”自身就有着相当高的犯罪系数，从矫正设施挑选出来除了当执行官别无其他选择，但正是因为这样才能够接近犯罪根源。因为“执行官”也有着可能孕育成犯罪者的危险倾向，所以就需要对搜查行动有着冷静的判断力的精英“监视官”来监视。安全局刑事课第一分队的成员各怀想法，虽然发现自己的所作所为常常会与真正的正义相悖却不得不在监视下继续执行任务。同时在处理案件时正在一步步地发觉和探索管理人类这些数值的系统——Sibyl System的真面目。他们所面临的彼岸将会有着什么？
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」，已过了十多年。觉醒了特殊能力，被称为「猎人」的人们，与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间，其等级也不会再有变化。然而，被称作是人类最弱兵器的程肖宇，在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力，得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务，得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇，为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材，而投身于新的战斗之中。
