故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
在2022年，未来战争的硝烟弥漫，人类幸存者与无尽的机器大军之间的对抗已持续数十年。1997年，被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，宣告了对人类的战争。为了改变人类的命运，一名士兵被送回过去，她的任务是在危机前保护科学家马尔科姆。 马尔科姆（安德烈·霍兰 Andre Holland 配音）致力于研发一种新型人工智能系统，旨在对抗“天网”即将发起的攻击。然而，面对技术带来的复杂道德困境，他不仅要全力以赴推进研究，还必须躲避来自未来的无情杀手的追击。随着危机的加剧，他的三个孩子也深陷其中，命运因此被彻底改变。士兵与科学家的命运交织在一起，生死存亡的抉择将决定人类未来的走向。在这场时间交错的斗争中，士兵和马尔科姆必须克服内外的重重障碍，寻找希望的火花。只有团结一致，他们才能在这场生死较量中逆转历史，改变未来的命运。
故事发生在神世纪300年，表面看来，结城友奈（照井春佳 配音）是一个平凡的初中二年级女生，个性开朗热情的她是校园中的活跃分子，深受老师和朋友们的喜爱。可实际上，放课后的她还有着另一重身份——勇者部的部员。 友奈的邻居兼好友，沉默寡言却意外的温柔的东乡美森（三森铃子 配音）、个性大大咧咧果断直率，却意外的擅长做家务的犬吠埼风（内山夕实 配音）、风的妹妹，像小动物一样惹人怜爱的犬吠埼树（黑泽朋世 配音）、看似桀骜不驯难以接近，实际上非常害羞傲娇的三好夏凛（长妻树里 配音），除了友奈，活跃在勇者部的是这些性格迥异的女孩们，她们所要面对的，是名为巴提克的强大敌人。
坂本拓真（水中雅章 配音）在游戏中的名字是迪亚布罗，操作技巧十分高超的他实力可怕，是被别的玩家称之为“魔王”的存在。一场意外中，拓真竟然真的来到了游戏中的世界里，在那里，他遇见了塞拉（芹泽优 配音）和雷姆（和气杏未 配音）两名女子。两人同时对拓真释放了驯服召唤兽的奴隶法术，没想到却遭到了反噬，本来想要奴役拓真的两人，反倒成为了拓真的奴隶。 这尴尬的情况让拓真感到十分为难，因为拓真虽然拥有着高强的法术，但却十分不擅长和女孩子打交道。活泼开朗毫无戒心的赛尔维（大久保瑠美 配音）、外表温文尔雅内心却十分腹黑的艾丽西亚（原由实 配音），接二连三出现在拓真身边的，是这些可爱的女孩子们。
浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物上交。这一天，莉可在深渊意外发现一个高度方针的机器人，随后将其带回孤儿院，并起名雷古（伊濑茉莉也 配音）。有意思的是，雷古对自己机器人的身份倍感困惑，更对身世一无所知。为了探寻雷古的身份，并且寻找贵为白笛的母亲的下落，莉可一行朝着深渊深处进发…… 本片根据日本漫画家土笔章人创作的漫画作品改编。
是的，我已经觉醒了——！由于某些原因而在这个不上不下的时间转入皆神高中的高中生，圣瑞姬。在这里，瑞姬在命运指引下遇到了重度厨二病的残念男子们——「英雄部」。不知为何逐渐被卷入英雄部活动的瑞姬，身陷他们永不停息的妄想与暴走当中，吐槽已经跟不上了！甚至连感到疲累的空闲都没有！「……奇怪了。我所期望的明明只是平稳的高中生活而已……！」期望平稳高中生活的瑞姬与厨二病男子交织而成的妄想炸裂厨二病学园喜剧，开幕☆
