小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
故事发生在未来世界之中，在那里，怪盗和侦探是两个同样活跃但相互对立的群体，长久以来，两个群体之间一直维系着相互制约和对抗的微妙平衡。在这样一个动荡的时代中，有一些人拥有着名为“Toys”的特殊能力，拥有这种特殊能力的人们有着比平常人更为缜密的逻辑思维和敏锐的观察能力。 天真烂漫活泼可爱的雪莉福德（三森铃子 配音）、成熟冷静充满了高贵而优雅的气质的阿蒂尼亚（橘田泉 配音）、性格内向沉默寡言十分喜欢读书的艾露克露（佐佐木未来 配音）和个性大大咧咧心直口快的让崎妮洛（徳井青空 配音），这四名拥有特殊能力的少女们展开了和怪盗之间的争斗。
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
