在里加甸魔法学院学习的威尔‧赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
