小学校５年生の四葉こころは、ちょっと不器用だけどやさしい女の子。「モノにはみんなたましいがある」というおばあちゃんの教えを守り、モノを大切にしている。ある日、こころが大切にしている色エンピツからモノのかみさま・ここたまが生まれた！名前はラキたま。ここたまには人に見つかってはいけない決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまう…
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
ときは戦国時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 乱太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術学園(にんじゅつがくえん)に入学(にゅうがく)。 そこには堺(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。 忍術学園のせいとは忍者のたまご、『忍たま』とよばれる。 忍術学園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 学園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！
