宝石之国

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

　　圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
　　参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。
　　卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...

　　以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。
　　战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派，
　　与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。
　　在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列
　　从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。
　　相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。
　　获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜，
　　和《人界》军一同与美国玩家展开死战，
　　而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。
　　随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。
　　不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们，
　　将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！
　　这场大战不只关系到Underworld的存续。
　　还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。
　　而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。
　　《Alicization》篇，在此完结！