真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
漫画第5卷(2011年3月22日发售)附带高级动画DVD的限定版同捆，收录了《世界第一初恋~小野寺律的情况~》的第0话(约20分钟)。工作人员和tv动画版差不多。
漫画第6卷(2011年9月27日发售)附带高级动画DVD的限定版同捆。标题是“世界第一初恋~羽鸟芳雪的情况~”，tv动画版是12.5话(收录约20分钟)。原型是“羽鸟芳雪的情况No.1”。
全修 全て修正するオールリテイクの意味。 広瀬ナツ子は、高校卒業後アニメーターとなり、才能を開花させあっという間に 監督デビューを果たす。初監督作品は社会現象になる大ヒット。 新進気鋭の天才監督と世間でも評価され、 次回作は初恋をテーマにした劇場ラブコメ作品に決定！ しかし、人を好きになったことがないナツ子は初恋がよくわからず、 コンテが描けなくなり映画制作が行き詰る。 そんなある日、コンテ作業中に意識を失い、目が覚めるとそこは、 子供の頃に夢中になったアニメ映画『滅びゆく物語』の世界だった。
